農地転用の「決済金」とは。土地改良区の意見書手続きと併せて解説

こんにちは、行政書士の三澤です！

「農地を宅地にしたいけれど、土地改良区の『意見書』が必要と言われた……」

「土地改良区ってそもそも何？どう対応すればいいのか不安……」

「決済金って聞いたけど、いくらかかるの？」

農地転用を検討していると、このような疑問や不安に直面する方は少なくありません。

特に、転用を予定している農地が「土地改良区」に属している場合、そのエリア独自のルールや手続きが加わり、通常の農地転用とは異なる注意点が出てきます。

中でも重要なのが、「土地改良区の意見書（同意書）」の取得です。この書類がなければ、農業委員会への転用許可申請自体が受理されません。

本記事では、農地法務に精通した行政書士の立場から、次のようなポイントをわかりやすく解説していきます。

• 土地改良区とは何か？なぜ意見書が必要なのか？
• 意見書を取得するための具体的な手続きの流れ
• 多くの人が気になる「決済金」の正体と金額の考え方

「手続きが複雑そうで進められない……」という方でも、この記事を読めば全体像が明確になります。大切な農地を安心して活用できるよう、ぜひ最後までご覧ください。

1. 土地改良区とは？なぜ「意見書」が必要になるのか

農地転用の手続きを進める中で、突然登場する「土地改良区」という言葉。そもそもどんな組織で、なぜ農地転用にあたって意見書（同意書）が必要になるのでしょうか。ここでは、その基本的な仕組みから順を追って解説します。

1.1. 地域農業を支えるインフラ組織「水土里ネット（土地改良区）」とは？

「土地改良区」とは、土地改良法に基づいて、農業者たちが自ら設立・運営する公的な団体のことです。最近では「水土里（みどり）ネット」という愛称でも知られています。

その主な役割は、農業に欠かせないインフラを共同で整備・維持すること。たとえば次のような施設の管理・運営を行っています。

• 用水路やパイプラインなど、農業用水の供給施設
• 排水路や調整池など、水害防止のための排水設備
• 農業用ダム・ため池
• 農道の整備や補修

こうした施設は、個々の農家が単独で維持管理するのが難しいため、地域全体で協力しながら運営されています。

土地改良区の区域内にある農地の所有者は、原則としてその改良区の「組合員」となり、施設の維持費や過去の工事に伴う借入金の返済費用などを賄うための「賦課金（ふかきん）」を毎年支払う義務があります。

1.2. 農地転用では「地区除外」が必要になる理由

では、なぜ農地転用の際に土地改良区が関係してくるのでしょうか？

農地を宅地や駐車場に転用するということは、その土地が今後、農業のためには使われなくなることを意味します。つまり、土地改良区が提供している農業用水などのサービスを受ける必要がなくなるということです。

そのため、転用予定の土地を土地改良区の管理区域から正式に除外する「地区除外（ちくじょがい）」という手続きが必要になります。

この手続きは、単なる事務的な処理ではありません。土地改良区は、組合員全体で将来にわたって負担する賦課金などを前提に運営されています。ある組合員が勝手に脱退してしまうと、その分の負担が残りの組合員にのしかかることになり、不公平が生じます。

そこで、転用により地区を除外する際には、将来にわたって本来負担すべきだった費用を「決済金」として一括清算する必要があるのです。この決済金については後ほど詳しく解説します。

1.3. 「意見書」がなければ農地転用の申請はできない

「土地改良区の意見書」とは、地区除外に関する清算手続きが完了し、土地改良区として農地転用に異議がないことを示す公式な書類です。実質的には「地区除外に問題なし」というお墨付きの証明といえます。

この意見書は、農地法に基づく農地転用許可申請の際に、市町村の農業委員会へ必ず添付しなければならない書類とされています。意見書がなければ、申請書は受理されず、許可手続きに進むことすらできません。

つまり、意見書は農地転用の第一関門ともいえる、極めて重要な書類なのです。

2. 土地改良区の「意見書」を取得するための手続きステップ

ここからは、実際に土地改良区から意見書（または同意書）を取得するまでの流れを、具体的な手順に分けて解説していきます。初めて手続きをされる方でもイメージしやすいよう、全体を4ステップに整理しています。

Step 1：まずは管轄の土地改良区を確認する

最初に行うべきは、ご自身の農地がどの土地改良区に属しているかの確認です。土地改良区は地域ごとに設置されており、それぞれで手続き方法や必要書類が異なるため、まずは正確な所属を把握することが重要です。

確認方法としては、以下の2つが一般的です：

• 市町村役場の農業委員会または農政課に問い合わせる
• 必要に応じて公図などを提示して、区域内かどうかを確認してもらう

この段階で管轄が不明確なまま手続きを進めてしまうと、時間的なロスや書類の差し戻しが発生する恐れがあるため、慎重に確認しましょう。

Step 2：土地改良区に事前相談し、必要書類を確認する

管轄の土地改良区がわかったら、次に行うのが「事前相談」です。いきなり申請書を出すのではなく、まずは電話や窓口で相談し、手続きの流れや必要書類について確認することを強くおすすめします。

土地改良区の手続きは、単なる事務処理ではありません。多くの場合、以下のような地域的な対応が求められます：

• 地区の水利組合長や総代と事前に面談し、転用内容の説明と了承を得る
• 周辺農地への排水・日照などの影響について、地域内で調整を行う

このように、地域ぐるみでの協議や合意が前提となるケースも多いため、事前相談は単なる形式確認ではなく、実務上の大きな意味を持ちます。

相談時には、以下の点をしっかり確認しておくと安心です：

• 申請書類の名称と様式（ダウンロード可能かどうか）
• 提出期限や審査スケジュール
• 決済金の概算金額や単価
• 手数料の有無と金額
• 提出方法（郵送・持参・オンラインなど）

この段階での情報収集が、その後のスムーズな手続きにつながります。

Step 3：必要書類を整えて提出する

事前相談で手続きの流れや必要書類が確認できたら、次は実際に申請に必要な書類を準備していきます。

土地改良区によって提出書類や記載内容が異なるため、事前に確認した指定様式に従って準備しましょう。代表的な提出書類は以下の通りです：

書類名	入手先	備考
意見書交付願（または地区除外申請書）	土地改良区事務所または公式ウェブサイト	書式名は土地改良区ごとに異なります。
農地転用等通知書	同上	地区除外申請と一体化している様式もあります。
確約書・誓約書	同上	転用後の排水・隣接地への影響防止に関する誓約内容。
案内図・位置図	自身で作成	対象地を示した地図（住宅地図など）にマーキング。
公図の写し	法務局	地番・形状を示す資料。隣接地含めて求められることも。
登記事項証明書	法務局	土地の所有者・面積等を確認できる資料。
その他	土地改良区の指示による	分筆図・造成図などが必要となる場合があります。

なお、多くの土地改良区では、公式ホームページから申請様式をダウンロードできるケースもあります。インターネット上で様式を事前に確認しておくと、準備がスムーズです。

必要書類の不備があると手続きが中断される可能性があるため、提出前のチェックは入念に行いましょう。

Step 4：意見書の交付と手数料・決済金の支払い

申請書類を提出すると、土地改良区内での審査が行われます。審査の所要期間は土地改良区によって異なり、数日で完了する場合もあれば、1～2週間以上かかることもあります。

この審査期間は、農地転用全体のスケジュールに大きく影響します。というのも、市町村の農業委員会には月ごとの申請締切が定められており、意見書の交付が間に合わないと、次月まで手続きが後ろ倒しになってしまうからです。

意見書の交付には、以下の2つの費用が発生します：

• 意見書発行手数料（1,000円～数千円程度）
• 決済金（地区除外清算金）：土地の面積に応じて計算（詳細は後述）

多くの土地改良区では、申請者に対して「納付通知書」が発行され、その内容に従って指定口座への銀行振込や窓口での現金納付を行うことになります。

通常、決済金と手数料の支払いが完了しない限り、意見書は交付されません。支払期限を過ぎると手続きが停止されてしまうため、金額と期限をしっかり確認し、余裕を持って対応しましょう。

なお、急ぎの場合は、窓口で直接現金納付する方が確認が早く、意見書の発行もスムーズに進む傾向があります。

3. 農地転用における最大のポイント「決済金」とは？

土地改良区の手続きの中でも、多くの方が最も気にされるのが「決済金」です。

場合によっては数十万円に及ぶこの費用。そもそも何のために支払うのか、どのように計算されるのか、そしていつ支払うのか——ここでは決済金の全体像を丁寧に解説していきます。

3.1. 決済金とは？──実態は「地区除外に伴う清算金」

「決済金」とは、農地を土地改良区の区域から除外（＝地区除外）する際に発生する「清算金」のことです。

土地改良区では、構成員である組合員が、農業用施設の整備・維持費用、さらには過去の工事に伴う借入金などを、長期的に分担して支払う仕組みになっています。

農地転用によって組合から離脱（＝地区除外）する土地は、本来であれば将来的に負担すべきだった賦課金や返済金を、あらかじめ一括で支払って精算する必要があります。これが「決済金」の正体です。

これは罰則や税金ではなく、残る組合員に不公平な負担が生じないようにするための、合理的な費用負担制度なのです。

3.2. 決済金の計算方法──単価×面積で算出【具体例つき】

決済金の金額は、法律で一律に定められているわけではなく、土地改良区ごとに独自の規程に基づいて決まります。そのため、同じ地域内でも改良区が異なれば、金額に数倍の差が出ることもあります。

一般的な計算式は以下の通りです：

決済金単価（円／㎡） × 転用面積（㎡） = 決済金額（円）

この「決済金単価」は、各土地改良区の総代会などで毎年決定されるもので、地域の整備状況や施設の維持管理内容によって異なります。

例：決済金単価の実例（令和7年度時点）

土地改良区	単価（円/㎡）	備考
愛知用水土地改良区	263円	補助事業による整備が反映
刈谷土地改良区	40〜60円	ほ場整備の有無で異なる

このように、単価に大きな差があるため、自分の土地が属する土地改良区の単価を早めに確認しておくことが重要です。

【計算例】

仮に、単価が400円/㎡で、転用面積が500㎡の場合：

400円 × 500㎡ = 200,000円

さらに、これとは別に意見書の発行手数料（1,000円～数千円程度）が必要となります。

3.3. 決済金の支払いはいつ・どうやって行う？

土地改良区に地区除外申請を行うと、後日、決済金の金額が記載された「納付通知書」が届きます。申請者は、この通知書に従って決済金を支払います。

支払い方法は、土地改良区によって異なりますが、主に以下のいずれかです：

• 振込用紙を発行してもらい支払い
• 土地改良区の窓口での現金払い
• 指定口座への銀行振込

多くの場合、決済金の支払いが完了しなければ意見書は交付されません。つまり、支払いが遅れると、農地転用全体のスケジュールにも影響が出ます。

特に急ぎの場合は、窓口での支払いの方が処理が早く、その場で意見書が発行されるケースもあるため、有効な手段となります。

いずれの場合も、支払期限を必ず守るよう注意しましょう。

4. 土地改良区との手続きで注意すべきポイントとまとめ

土地改良区の意見書取得や決済金の支払いは、農地転用の手続き全体の中でも特に重要な工程です。ここでは、実務上よくある注意点と、押さえておきたいポイントをまとめてご紹介します。

4.1. 【最重要】手続き内容・費用は土地改良区によってバラバラ

土地改良区の手続きにおいて最も注意すべきは、「全てが地域ごとに異なる」という点です。

• 手続きの流れ
• 必要書類の種類
• 意見書の交付条件
• 決済金の単価や計算方法
• 担当役員との面談が必要かどうか

これらはすべて、その土地が属する土地改良区ごとの運用ルールに従います。

本記事では代表的な流れをご紹介しましたが、あくまで一般的な例であり、ご自身の土地に対応する改良区に直接確認することが大前提です。「前回はこうだったから」といった思い込みで進めると、想定外の手戻りが発生するリスクがあります。

4.2. 許可申請のスケジュールには土地改良区の処理期間も含める

農地転用許可申請には、市町村ごとに毎月の締切日が定められています。そのため、申請日から逆算してスケジュールを立てることが非常に重要です。

しかし意外と見落とされがちなのが、土地改良区の意見書発行にかかる期間です。地域によっては意見書の交付まで1～2週間以上かかる場合もあり、ここを見誤ると転用申請のタイミングを逃し、全体のスケジュールが1ヶ月以上後ろ倒しになる可能性もあります。

したがって、スケジュールを立てる際は以下を必ず含めましょう：

• 改良区への事前相談・必要書類準備期間
• 意見書の交付審査・決済金納付にかかる期間
• それらを経て農業委員会に提出できるタイミング

4.3. 決済金の「負担者」は誰？売買契約前に確認を

農地を転用したうえで売却するようなケースでは、決済金の負担者を巡ってトラブルが生じることがあります。

法令上、「売主・買主どちらが支払うべき」といった定めはありません。あくまで当事者間の取り決めによって決まる事項です。

そのため、以下のようなトラブルを防ぐためにも、売買契約書には「決済金の負担者」を明記しておくことが不可欠です：

• 売主が負担すると思っていたが、買主が支払うよう求められた
• 決済金が高額だったため、急遽契約内容を変更することになった

契約前に不動産業者とも連携し、費用分担を事前に調整しておくことが大切です。

【まとめ】土地改良区の手続きは、行政書士と進めるのが安心・確実

土地改良区の手続きは、農地転用をスムーズに進めるうえで避けて通れない重要なステップです。

中でも「決済金」は、想定外の出費となることもあり、事前にその存在や金額の目安を把握しておかなければ、資金計画やスケジュールに大きな影響を与える恐れがあります。

また、土地改良区によって手続きの内容や必要書類、審査期間、対応の柔軟さなどが大きく異なるため、経験のない方にとっては戸惑いやすい分野といえるでしょう。

以下のようなお悩みや状況に心当たりがある方は、ぜひ一度、農地転用手続きに精通した行政書士などの専門家にご相談ください。

• どの土地改良区に相談すればよいか分からない
• 必要な書類の作成や収集が不安
• 平日に役所や改良区とやり取りする時間が取れない
• 決済金や手数料の概算を早めに知りたい
• 売買や譲渡を見据えて手続きを進めたい

専門家に依頼することで、手続きの漏れや遅れを防ぎ、改良区との事前協議や書類作成・調整まで一貫して対応することが可能になります。農地の有効活用や円滑な取引の実現に向けて、確実な第一歩を踏み出しましょう。