設計・開発事業者向け｜農地転用と開発許可の「同時申請」実務と法的根拠を行政書士が解説

「農地転用の許可は取れたのに、開発許可の見通しが立たずプロジェクトが止まった」「行政から『他法令の許可の見込みがないため転用は認められない』と言われたが、どう対処すればいい？」

設計事務所やハウスメーカー、開発事業者の皆さんが農地を含む開発計画を進めるとき、大きな関門になるのが「農地転用許可」と「都市計画法第29条に基づく開発許可」の同時進行という問題です。

一見すると別々の手続きに思えますが、両者は法的に強く連動しています。農地法施行規則第47条第2号（4条転用）・第57条第2号（5条転用）では、他法令の許認可等の処分がされる見込みがないことを不許可の事由として定めています。開発許可の目処が立たない限り、農地転用だけを先行させることは原則として認められません。

この構造を知らずに窓口へ動き出すと、スケジュールが大きく遅れ、計画そのものを見直すことになるおそれがあります。

本記事では、法人実務の視点に立ち、同時申請の法的根拠・農地法関係事務処理要領に基づく実務指針・エリア別（市街化・調整区域）の留意点まで体系的に解説します。事業計画の完遂とリスク管理のために、ぜひ最後までご一読ください。

1. 農地転用許可と開発許可——開発プロジェクトにおける2つの法的関門

農地を事業用地へ転換する開発では、農地法と都市計画法という2つの法令が同時にかかってきます。まず、それぞれの制度の基本と両者の関係を整理します。

1-1. 農地転用許可（農地法第4条・第5条）——事業用開発の必須要件

農地法は、「耕作の目的に供される土地」を農地と定義し、これを農地以外のものにする場合には都道府県知事等の許可を受けなければならないとしています。法人が行う農地転用は、事業の形態によって次の2つに分類されます。

開発プロジェクトの多くは用地買収を伴うため、「農地法第5条許可」が該当します。この許可を受けずに無断転用した場合は、原状回復等の措置命令の対象になるほか（農地法第51条第1項）、3年以下の拘禁刑または300万円以下の罰金（法人は1億円以下の罰金）という重い罰則の対象になります（同法第64条第1号、第67条第1号）。許可条件に違反した場合も措置命令の対象になり、その命令に違反すると同じ罰則の対象になります（同法第51条第1項第2号、第64条第3号、第67条第1号）。確実な法令遵守はプロジェクト進行の絶対条件です。

1-2. 開発許可（都市計画法第29条）——「区画形質の変更」の判断基準

農地転用許可と並んで、多くの開発案件では都市計画法に基づく開発許可も必要です。

都市計画法上の「開発行為」とは、主として建築物の建築または特定工作物の建設の目的で行われる「土地の区画形質の変更」を指します（都市計画法第4条第12項）。農地を宅地や工場用地にして建築物を建てるための造成は、基本的には開発行為に該当します。一方、建築物の建築や特定工作物の建設を目的としない造成は、開発行為には当たりません。どのような造成が「区画形質の変更」に当たるかの具体的な基準は、開発許可を担当する自治体に確かめてください。

なお農地法施行規則でも、地区計画が定められている区域（農業上の土地利用との調整が調ったものに限る）内で、都市計画法第34条第10号に該当するものとして開発許可を受けて住宅などの用地を造成する場合を、土地の造成のみを目的とする転用は認めないという原則の例外とするなど、開発許可との関連を踏まえた規定が設けられています（農地法施行規則第47条第5号ト・第57条第5号ト）。

このように、開発許可が必要な農地を含む開発事業では、「農地転用許可（農地法）」と「開発許可（都市計画法）」の両方をクリアすることが前提となります。

2. 実務の核心——農地転用と開発許可の「同時申請・同時許可」

「まず農地転用だけを取得して、後から開発許可を進めればいい」と考える事業者の方は少なくありません。しかし、開発許可が必要な事業では、その見込みがなければ農地転用は許可されません。農地転用と開発許可は、セットで手続きを進めるのが基本です。

2-1. 法的根拠——他法令の許認可見込みがなければ転用は不許可（農地法施行規則第47条・第57条）

農地転用の審査では、転用事業が本当に実現するかどうかが厳しく問われます。都市計画法上の開発許可など他法令の許認可が必要な案件で、その許認可がされる見込みがなければ、申請に係る農地の全てを申請に係る用途に供することが確実とは認められないため、転用は許可されません（農地法第4条第6項第3号、第5条第2項第3号）。

農地法施行規則は、申請に係る農地の全てを申請に係る用途に供することが確実と認められない事由（不許可事由）として次のように定めています。

自己転用（第4条）・譲渡転用（第5条）に共通する不許可事由（農地法施行規則第47条第2号・第57条第2号）
「申請に係る事業の施行に関して行政庁の免許、許可、認可等の処分を必要とする場合においては、これらの処分がされなかつたこと又はこれらの処分がされる見込みがないこと」

開発許可の見込みを示せなければ、農地転用は許可されない——これが法的な構造です。

2-2. 実務指針——農地法関係事務処理要領が求める事前調整と同時申請

この法令要件を行政側がどう運用するかは、国が定める「農地法関係事務処理要領」に明確な指針として示されています。

同要領では、農地転用許可権者（都道府県知事や指定市町村の長など）の事務処理について次のように定めています。

農地転用許可をしようとする場合において、当該事業が都市計画法（昭和43年法律第100号）第29条又は第43条第１項の許可（以下「開発許可」という。）を要するものであるときは、開発許可の権限を有する者（以下「開発許可権者」という。）に可及的速やかに連絡し、調整を図ることが望ましい。

そして、「農地転用許可及び開発許可は、この調整を了した後に同時にすることが望ましい。」と明記されています（同要領 別紙1 第4の1(6)イ）。

事業者側の実務対応として求められるのは、農地転用窓口（農業委員会等）と開発許可窓口（都市計画担当部局等）の双方と並行して事前協議を行い、両手続きのスケジュールを合わせることです。これがプロジェクト全体の遅延を防ぐ重要なポイントになります。

3. エリアで変わる難易度——農地の「立地基準」と都市計画区分の関係

開発用地がどのエリアに属しているかによって、農地転用の難易度と手続き期間は大きく異なります。都市計画法のエリア区分と農地法の「立地基準」の関係を整理します。

3-1. 市街化区域——農地転用は「届出」で完了（農地法第4条第1項第7号等）

都市計画法上「すでに市街地を形成している区域及びおおむね10年以内に優先的かつ計画的に市街化を図るべき区域」と定義される市街化区域（都市計画法第7条第2項）では、農地転用のハードルが大幅に下がります。

農地法は、市街化区域内の農地を転用する場合について、都道府県知事等の「許可」に代えて農業委員会への「届出」で足りるとする特例を設けています（自己転用：農地法第4条第1項第7号、譲渡転用：同第5条第1項第6号）。

この届出は通常の許可審査を経るものではなく、適法な届出が受理された時点で転用の効力が生じます。国の事務処理要領では、届出の受理・不受理の通知書は遅くとも届出書の到達から2週間以内に届くよう事務処理を行うとされています（別紙1 第4の5(6)イ）。許可の場合の標準的な事務処理期間は、申請書の受理から農業委員会の意見書の送付まで3〜4週間、その後の許可等の処分まで2週間とされており（同要領 別表1）、許可が必要な区域に比べて、事業スケジュールを組みやすいエリアです。

3-2. 市街化調整区域等——厳格な「立地基準」が適用される（農地法第4条第6項等）

市街化区域以外のエリア（市街化調整区域・都市計画区域外など）では、農地の営農条件や周辺の市街地化の状況に基づく「立地基準」による厳格な審査が行われます（農地法第4条第6項第1号・第2号）。特に注意が必要な農地区分は以下のとおりです。

市街化調整区域等で開発を計画する場合は、対象地がどの農地区分に該当するかを事前の行政協議で確実に把握してください。農用地区域や甲種・第1種農地に該当すると判明した時点で、計画の根本的な見直しを迫られるリスクがあります。

4. 法人が陥りやすい実務トラブル2選

4-1. 登記地目と「現況」の相違——「現況主義」の落とし穴

登記簿上の地目が「雑種地」「原野」「山林」だからといって、農地法の手続きは不要と判断してプロジェクトを進めるのは非常に危険です。

農地法上の「農地」とは「耕作の目的に供される土地」であり（農地法第2条第1項）、農地に該当するかの判断は登記地目ではなく現況によって行うと国の「農地法関係事務に係る処理基準」（同基準 第1の(2)）に明記されています。これを実務では「現況主義」と呼びます。

登記地目が非農地であっても、現在は耕作されていなくても耕作しようとすればいつでも耕作できる状態（休耕地・不耕作地など）であれば、農地として扱われます（同基準 第1の(1)①）。現況確認を怠って農地法の許可なく造成工事に着手した場合、無断転用（農地法第4条第1項・第5条第1項違反）となり、都道府県知事等から工事の停止や原状回復を命じられることがあり（農地法第51条第1項）、前述の罰則の対象にもなります。プロジェクトへの打撃は計り知れません。

4-2. 自治体ごとのローカルルールと「農業上の土地利用との調整」

農地転用と開発許可の審査では、条文上の要件だけでなく、行政内部での事前調整や自治体独自の運用ルールが大きな影響を持ちます。

たとえば用途地域が定められている土地の区域で事業用施設の用地を造成する場合も、都市計画上の用途地域の指定だけでは足りません。国の「農地法の運用について」では、用途地域が定められていることを第3種農地の要件とする場合や、工場・住宅などの用地の造成のみを目的とする転用を例外として認める場合について、いずれも「農業上の土地利用との調整が調ったものに限る」としています（同通知 第2の1(1)エ(ｱ)ｂ(c)・第2の1(2)ア(ｸ)ｆ、農地法施行規則第44条第3号・第47条第5号ヘ・第57条第5号ヘ）。

「農業上の土地利用との調整」は、同通知では「別に農村振興局長が定めるところにより行う」とされています。対象地について調整が調っているかどうかは、申請先の農業委員会や都道府県等の農地転用の担当部署に確かめてください。都市計画部局への相談だけで進めると、後から農地側との調整が必要になり、スケジュールが遅れるおそれがあります。